Tive problemas devido a pouco espaço de armazenamento na pasta / pois utilizo partições para cada diretório / e /home. Um jeito de conseguir liberar espaço no / e forçar instalar aplicativos no /home. Utilize o comando a seguir.
flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo --user
O único problema disso que você precisa atualiza os aplicativos sempre via terminal.
flatpak update
Espero ter ajudado, qualquer problema me procure nas redes sociais! ;)
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