Para mudar a inicialização de um campo de formulário no NetBeans você deve fazer o seguinte:
Selecione o campo e abra as propriedades do mesmo;
Clique na aba Code;
Abra o contéudo da propriedade "Custom Creation Code";
Insira o novo código de inicialização, o NetBeans irá atribuir sua variável a ele;
No caso que você citou, você deverá inserir o seguinte:
new JFormattedTextField((setMascara("(##) ####-####"));
Após você salvar, vá até o source do seu formulário que você verá que o NetBeans gerou o seguinte código:
jftfTelefone = new JFormattedTextField((setMascara("(##) ####-####"));
Você pode formatar o que quiser basta alterar:
Formatação de telefone
(##) ####-####
Formatação de CEP
.###-
Formatação de CPF
.###.###-
Formatação de CNPJ
.###.###/####-
Formatação de RG
.###.###-
Abraços!